1983 yılında film endüstrisine ilk adımını atan Banderas, 1990 yılında Almadovar'ın Tie Me Up! Tie Me Down! adlı filminde bir porno yıldızını kaçıran ve kendisine aşık olana kadar onu yatakta bağlı tutan karizmatik bir akıl hastasını canlandırdı. Bu filmin ardından rotasını Hollywood'a çeviren aktör, Arne Glimcher'in Pulitzer ödüllü bir romandan uyarladığı The Mambo Kings adlı filmde rol aldı. Henüz çok genç ve tecrübesiz olan Banderas, bu filmde oynayabilmek için Berlitz Okulu'nda eğitim alarak İngilizce'sini düzeltti. 1993 yılında başrollerinde Tom Hanks ve Denzel Washington'ın yer aldığı Philedelphia adlı filmde AIDS'e yakalanan sevgilisine moral vermeye çalışan bir eşcinseli canlandırdı. Daha önce Almadovar'ın Law of Desire gibi filmlerinde eşcinsel karakterleri canlandıran Banderas, Jonathan Demme'nin bu filminde hiç zorlanmadı. Karmaşık karakterleri oynamaktan büyük zevk alan aktör, sırasıyla Jeremy Irons, Meryl Streep ve Glenn Close gibi oyuncuların yer aldığı The House of the Spirits ( 1993 ), Neil Jordan'ın Interview With the Vampire, Salma Hayek'li Desperado ( 1995 ) adlı filmlerle üne kavuştu. Sylvester Stallone ile birlikte oynadığı Assasins( 1995 ) adlı filmde acımasız profesyonel bir katili canlandıran aktör, oynadığı her rolü başarıyla ekrana yansıttı. 1995 yılında Two Much adlı filmde birlikte rol aldığı Melanie Griffith'e aşık olan aktör, sekiz yıllık eşi Ana Leza'dan boşandı ve bir yıl sonra Griffith ile evlendi. Kariyerindeki tek müzikal film olan Evitada Madonna ile birlikte oynayan aktör, 1998 yılında Catherine Zeta-Jones ile birlikte The Mask of Zorro adlı ticari filmde oynadı. 1999 yılında, Michael Crichton'ın X. yüzyılda insan yiyen canavarları konu alan Eaters of the Dead adlı romanından uyarlanan The 13th Warrior adlı filmde başrol oynadı.